Dans un avenir proche, un pirate informatique du nom de Néo, découvre par Morpheus que la réalité n'est qu'une immense simulation créée par la Matrice, réduisant l'espèce humaine en esclavage. Pour Morpheus le doute n'est plus permis : Néo est "l'élu", ce libérateur mythique capable de mettre en échec la Matrice et ses féroces Agents. La prophétie est sur le point de se réaliser, la lutte va pouvoir commencer...